我国有2个主要以保护梅花鹿为主的自然保护区。江西彭泽桃红岭梅花鹿保护区位于长江南岸，总面积为4500公顷，其中核心区为4500公顷，成立于1981年。该地属于武夷山系，位于武夷山脉的北麓，海拔高度在300一500米之间，山峦起伏，地形复杂，山势大致自东南向西北倾斜，呈南高北低之势。这里属于亚热带季风气候，四季分明，雨量适中。植物种类丰富，在1000种以上，非常适合梅花鹿华南亚种的生存。
铁布自然保护区则位于青藏高原东缘、秦岭西端的四川省阿坝藏族自治州若尔盖县境内，距成都726公里，距兰州530公里，总面积大约为170平方公里，成立于1965年。
保护区内的地貌属于中切割的山原，一般谷底海拔高度为2400米左右，峰岭海拔高度在3000米左右，最高可达3850米，相对高差为600至1400米。出露地层除白龙江及其支流开阔河段有第三纪和第四纪的洪积、冲积、坡积泥砾外，其余都是古生代与中生代早期的地层。常见的岩类有灰岩、片岩、砂岩、安山岩、凝灭岩、石英岩与板岩等。土壤由下而上主要有山地棕壤、山地褐土、亚高山与高山草甸土等。该地的气候属于山地温带湿润气候，年平均温度为16℃，最高气温30℃，最低气温一16℃，年降水量650毫米，无霜期约为60天，相对湿度69％。这里四季分明，冬天寒冷干燥，但阳光明媚，夏天凉爽湿润。
保护区内天然植被的面积约占总面积的80％，森林覆盖率为40％，植被垂直分布明显，而且坡向影响强烈。在河岸及河漫滩地带是以柳为主，其间杂有沙棘、毛樱桃、藏边蔷薇、高丛珍珠梅、野李等的河滩灌丛。阴坡海拔2500一2750米是成片的油松林；海拔2750一3100米是云杉林，由青杆、粗枝云杉组成，林下灌木占优势的是华西箭竹，海拔3100一3600米是岷江冷杉林或紫果云杉、岷江冷杉林；海拔3600米以上是杜鹃灌丛；针叶林被破坏后就形成了以白桦、山杨等组成的次生落叶阔叶林和林间灌丛草地。阳坡海拔2600一3000米是由沙棘、锦鸡儿、扁桃、麻黄、亚菊、白羊草等组成的多刺灌丛；海拔3000米以上分布着由金露梅、蒿草、高山柳等组成的亚高山灌丛草甸。保护区内有脊椎动物162种以上。除梅花鹿四川亚种外，常见的还有中华裂腹鱼、高原鳅、北方山溪鳅、岷山大蟾蜍、中国林蛙、秦岭滑蜥、白条锦蛇、雀鹰、秃鹫、草原雕、血雉、蓝马鸡、雉鸡、灰喜鹊、红嘴山鸦、白顶溪鸲、角百灵、白腰雨燕、豹猫、林麝、鬣羚、斑羚、灰尾兔、豺等。
铁布是藏语的译音，意思是“山神庇护的地方”。保护区内有一座美丽雄伟的山峰，名叫达欧山，相传是一座神山，山上的山神护佑着区境内的崇尔部落。梅花鹿则是山神养的神鹿，谁也不能伤害它，否则，激怒了山神，整个部落将遭受灾难，天将下冰雹使庄稼颗粒无收，牛、羊等牲畜将死掉，人将患病、闯祸……。远在崇尔部落时代，当地的土官就曾规定，每打一只梅花鹿罚款400块银圆。所以这里的梅花鹿一直得到了很好的保护，幸存到现在，成为我国数量最多的梅花鹿栖息地之一。
大兴安岭是我国唯一驼鹿种群数量较多的地区，它象一条巨蟒攀附在东北边陲，茫茫山岭逶迤千里。山体一般南部高于北部，自北向南逐渐缩小，略呈三角形，经过多次造山运动，以及长期的侵蚀与削平作用，形成到处可见的浑圆形山丘，一般海拔高度为600一1000米，坡度为10一30度，南部的最高峰吉里革先峰海拔1749米，北部的最高峰雉鸡场山峰海拔1530米。1988年5月，这里建立了总面积为194，000公顷的呼中国家级自然保护区，就象一块闪闪发光的宝石，镶嵌在绵绵山岭的北部。保护区位于嫩江水系与额尔古纳河水系的分水岭一带，由于处在西伯利亚高压气团的风口，形成了异常寒冷的气候条件，冬季漫长，夏季每年平均不足6天，天气晴朗、干燥，最低的月平均气温竟达到零下37.2℃，因此存在着许多的永久冻土层。冬至前后的日照平均仅有7个小时，夏至前后的白昼又长得出奇。
呼中自然保护区奇特的气候条件也造就了许多奇特的动植物，成为我国北方著名的“绿色宝库”中的一颗璀璨的明珠。植被为典型的寒温带类型，群落单纯，主要是兴安落叶松、樟子松、偃松等落叶针叶乔木所组成的大片纯林，乔木树种不多，组合简单，林层分明。这里生存的植物都有惊人的繁殖力，顽强的生活力，适应性很强，能生活在草甸、沼泽地、河旁、山顶等不同的生境中。生活在这里的动物都具有适应寒冷环境的特点，组成了我国唯一的寒温带针叶林动物群，除了驼鹿外，还有驯鹿、原麝、貂熊、水獭、扫雪鼬、伶鼬、黑嘴松鸡、黑琴鸡、柳雷鸟、镰翅鸡、花尾榛鸡等珍稀动物。但由于气候寒冷，两栖动物和爬行动物的种类很少，河中则栖息着大量的冷水性鱼类。呼中自然保护区作为我国唯一的寒温带保护区，其独特气候条件，典型的寒温带植被，丰富的野生动物资源，是研究自然生态系统和珍稀野生动物的良好场所，成为我国自然保护区中的一朵奇芭。
